1988年、テレビ番組『謎学の旅』において、肉じゃがのルーツを探る内容が放送された。そこで、肉じゃがのルーツは海軍にあり、舞鶴に保管されていた『海軍厨業管理教科書』の中の「甘煮」が肉じゃがであるとされた。

この番組の制作にあたり、担当のディレクターから「肉じゃがの由来がはっきりしない。海軍に肉じゃがのルーツがあり、その手がかりを舞鶴で見つけたと結論づけたい」と高森直史が相談され、調査にあたった。高森は、舞鶴に保管されていた『海軍厨業管理教科書』において「甘煮」とされている料理が材料や作り方から肉じゃがと判断した。さらに、数冊の戦前の料理書を調べた結果、「甘煮」「肉じゃが」に相当するものが見つからなかったことから「肉じゃがのルーツは海軍にあり、それが舞鶴の資料で分かった」とみなした。

東郷平八郎発祥説

肉じゃがの発祥として広く流布している説に、「東郷平八郎が留学先のイギリスで食べたビーフシチューの味が忘れられず、艦上食として作らせようとしたが、ワインやバターがなかったため料理長は代わりに醤油と砂糖を使って作ったのが始まり」という話がある。また、料理長はビーフシチューを知らず想像で作った、などの少し違った話も存在する。

東郷平八郎を肉じゃがの発祥とする話は、そもそも、肉じゃがによる町おこしのため1995年（平成7年）に結成された「まいづる肉じゃがまつり実行委員会」が広めた話であり、「まいづる肉じゃがまつり実行委員会」の提唱者であり委員会の代表であった清水孝夫が町おこしのために創作したものである。この会では、東郷平八郎が舞鶴に赴任している時にビーフシチューを作らせようとして肉じゃがができたという話にしている。

舞鶴市では東郷平八郎を肉じゃがの発祥として肉じゃが発祥地の宣言が行われたが、その後、東郷が舞鶴に赴任するより前に呉に赴任していたことを理由に呉市も肉じゃが発祥地の名乗りをあげ、舞鶴と呉による肉じゃが発祥の地論争を起こしてマスコミに注目された。

しかし、東郷が舞鶴や呉に赴任する前に、すでに海軍ではビーフシチューが作られていたことを示す史料が存在する。海軍が1889年（明治22年）に制定した厨夫学術検査規格において四等厨夫の項目に“「シチユウ」仕方”をあげており、同じく1889年（明治22年）に制定した『五等厨夫教育規則』に“「シチユウ」仕方”をあげている。それに、ビーフシチューを作るためにワインもバターも必須ではない。

また、まいづる肉じゃがまつり実行委員会は肉じゃがと海軍の脚気対策とが関係あるかのようにいっているが、東郷平八郎が舞鶴や呉に赴任するより前の1885年（明治18年）に海軍は脚気をほぼ撲滅している。

その他の説

肉じゃがのルーツと考えられる料理はいくつもあり、日本各地で伝統的に作られてきた「イモの煮物」や「イモの煮っころがし」に、戦後に増えてきた肉料理が影響し、「いも＆にくの煮物」になっていき、今日の肉じゃがにたどり着いたのではないかと、魚柄は述べている